秦朝的中央行政机关实行三公九卿制。皇帝之下设三公，三公为：

（1）丞相，承受皇帝之命，辅助皇帝掌管天下的行政的官；

（2）太尉，掌管军事的最高官吏；

（3）御史大夫，主要管理记事，其地位相当于副丞相，主要职责是管理图籍、奏章，监察文武百官。御史大夫下设御史中丞，掌管图书秘籍，同时监察文武官吏；侍御史，掌管文书；监御史，中央派到地方各郡负责监督郡守的御史。

三公之下设九卿，作为中央行政机关分掌具体行政事务，如祭祀、礼仪、军事、行政、司法、文化教育等。包括：

（1）奉常，掌管宗庙礼仪，地位很高，属九卿之首；

（2）郎中令，掌管宫殿警卫；

（3）卫尉，掌管宫门警卫；

（4）太仆，掌管宫廷御马和国家马政；

（5）廷尉，掌管司法审判；

（6）典客，掌管外交和民族事务；

（7）宗正，掌管皇族、宗室事务；

（8）治粟内史，掌管租税钱谷和财政收支；

（9）少府，掌管专供皇室需用的山海池泽之税。

地方行政机构分郡、县两级。郡设守、尉、监（监御史）。郡守掌治其郡。郡尉辅佐郡守，并典兵事。郡监司监察。县，万户以上者设令，万户以下者设长。县令、长领有丞、尉及其他属员。郡、县主要官吏由中央任免。县以下有乡，乡设三老掌教化，啬夫掌诉讼和赋税，游徼掌治安。乡下有里，是最基层的行政单位。里有里典，后代称里正、里魁，以"豪帅"即强有力者为之。此外还有司治安、禁盗贼的专门机构，叫做亭，亭有长。两亭之间，相距大约十里。